帕多瓦大學不是由羅馬教皇授權建立的，而是在偶然事件和當時的社會文化環境中自發成立的。十三世紀帕多瓦大學由自由公社管理，到了十四世紀由凱勒雷斯（Carrarese）家族接管，之后，從十五世紀到十八世紀由威尼斯共和國管理。帕多瓦大學的校訓是“Universa Universis Patavina Libertas”（為全體帕多瓦人民以及全世界的自由而奮斗）。

帕多瓦大學最初開設的是法學和神學課程，后來又增加了醫學、哲學、天文學、文法和修辭學。1399年帕多瓦大學分化為兩所大學：Universitas Iuristarum（主要教授民法、宗教法和神學）和Universitas Artistarum（主要教授醫學、哲學、文法、辯證法、修辭學和天文學）。1813年兩所大學又重新合并為帕多瓦大學。

該校最初是作為學生的自由團體建立的，由學生自己管理。學生們自己起草了校規，自己推選校長和選擇老師，由學生決定老師的工資。十五世紀到十六世紀當地政權逐漸從學生手中取得學校的管理權。

直到十八世紀，帕多瓦大學由威尼斯共和國接管，才有了很大發展，其名望盛極一時。帕多瓦大學的進步的哲學思想、解剖學院和醫學院以及伽利略執教的十八年間（1592 -- 1610）的天文學、物理學和數學等學科的發展為科學革命做出了巨大貢獻。帕多瓦大學顯著的成就還有Gian Battista da Monte （昵稱Montano）的現代醫學、1545年開放的植物園、1594年5月落成的解剖實驗室和 Andrea Vesalio, Gabriele Falloppio, G. Fabrici d'Acquapendente等人的解剖學新發現。此外，帕多瓦大學在其他領域也取得了顯著成績，Paolo Veneto, Gaetano da Thiene, Nicoletto Vernia, Piero Pomponazzi 和 Iacopo Zabarella提出的進步的哲學思想，還有法學院的學生們發表的學術論文，這些論文提出了很多新觀點并得到歐洲各國國家管理階層的廣泛贊譽。

尤其是十六世紀和十七世紀，帕多瓦大學的崇高聲譽和威尼斯共和國的包容政策吸引了大批的歐洲學生。帕多瓦大學歷史上最有紀念意義的事件之一是1678年Elena Lucrezia Cornaro Piscopia獲得哲學博士學位，成為世界上第一位女博士。

十八世紀帕多瓦大學涌現出一批像Domenico Guglielmini, Bernardino Ramazzini, Gian Battista Morgagni, Gian Battista Poleni, Antonio Vallisneri, 和 Giuseppe Toaldo等杰出的人才。1761年—1777年威尼斯共和國建成了天文氣象臺，并培養了一批化學和農業科學方面的專家學者。如Carlo Goldoni, Ugo Foscolo, Giuseppe Tartini 和 Giacomo Casanova都畢業于帕多瓦大學。

1797年威尼斯共和國開始衰落，帕多瓦大學雖然在學術自由方面受到嚴格限制并且缺乏資金，但依然在帕多瓦地區發揮著重要作用。大批的帕多瓦教授和學生參加了復興運動和意大利獨立運動，制造了1848年2月暴亂。帕多瓦大學還參與了第一次世界大戰，并成為帕多瓦的戰事中心。此外，帕多瓦大學在校長Concetto Marchesi和校長助理Egidio Meneghetti的領導下成為威尼托地區反法西斯運動的中心。很多熱血男兒為恢復自由獻出了寶貴的生命，帕多瓦大學成為意大利唯一一所被授予軍事金質獎章的大學。

從1873年開始，帕多瓦大學就已經成為葡萄牙公立大學之一。在意大利的重點大學中，帕多瓦大學在文化和自然科學的研究方面占有重要地位。涌現出一批數學碩士：如Gregorio Ricci Curbastro, Giuseppe Veronese, Francesco Severi, Tullio Levi Civita等。

改革和進步的進程中，阻礙是難免的，帕多瓦大學經歷了歷時20年的法西斯政權黑暗的統治；經歷了第二次世界大戰的洗禮；經歷了因學生人數激增導致的教學設備缺乏的困難時期；經歷了在不盈利的情況下因沒有中央政府的支持而引發的學生起義(1968-69)。盡管如此，帕多瓦大學努力堅持一貫性原則，直到20世紀下半葉初期，仍在不斷進行改革和謀求發展，尤其是在科學和技術領域恢復了與國外的友好關系和交流。

最近幾年，帕多瓦大學不斷在威尼托地區發展壯大，1982年維羅納學院建立后，又于1990年在維琴察建立了管理工程學院。1995年把萊尼亞羅的艾格利波黎斯科學公園（Agripolis Science Park）作為農學和獸醫學的教育基地。最近又重新啟用布雷薩諾內。其它學科分布在羅維戈、特雷維索、費爾特雷、威尼托自由堡、基奧賈和阿夏戈等地。最新的立法使帕多瓦大學從中央政府的管轄中擺脫出來，恢復了自主的權利。1995年帕多瓦大學通過了自己的獨立法案。